Les lits de culture sont des bacs remplis de substrat tel que des billes d’argile ou un matériau similaire. Ils représentent la majorité des systèmes de culture aquaponique simple. L’eau du réservoir des poissons est pompée pour être acheminée vers le lit de culture ou les plantes se développent. Il y a un système d’écoulement d’eau continu ainsi que des systèmes d’inondation et d’évacuation, c’est ce qu’on appelle les marées. On dit alors qu’on cultive sur des tables à marées.

Dans les systèmes NFT, l’eau riche en nutriments est pompée dans de petites rigoles ou gouttières fermés. Les plantes sont cultivées dans de petits paniers qui permettent aux racines d’absorber les nutriments et l’eau. Il est important de noter que l’eau qui coule ressemble à un film mince d’où le nom technique de « film nutritif ».

Il est également important de noter que cette technique ne convient pas à tous les types de plantes. Les meilleures plantes qui utilisent des systèmes NFT sont les légumes verts feuillus avec des cycles courts et peu de racines. Les autres plantes, en particulier les plantes plus grandes ont besoin de profondeur et ne sont donc pas appropriées.

La culture flottante consiste à cultiver des plantes sur des planches en polystyrène extrudé qui flottent à la surface de l’eau du système aquaponique. Ce système permet aux racines des plantes de s’accrocher dans l’eau. DWC est une méthode commerciale courante pour le développement des plantes. La méthode peut être pratiquée de nombreuses façons, comme des radeaux flottants de mousse ou polystyrène sur le dessus des réservoirs de poissons ou bien pomper l’eau de l’aquarium vers des plantes flottantes sur la surface de l’eau d’un autre réservoir. C’est cette technique de culture qui fait l’unanimité chez les industriels américains de l’aquaponie. On voit peu de ces installations chez les particuliers.